Sihtasutus Otepää Tervisekeskus asutati 18.septembril 2000.a. Otepää Vallavolikogu eelneva otsuse alusel. Sihtasutus moodustati Otepää haigla ja polikliiniku varade baasil. Sihtasutuse esimeseks juhatuse liikmeks oli Kaja Aidla ning 8-liikmeline nõukogu kuhu kuulusid: Terje Korss, Karin Kõrgesaar, Sulev Lauk, Tatjana Laadi, Marita Loog, Aarne Steinbach, Rein Pullerits ja Herko Sunts.